utilisation d' /etc/passwd pour l'exemple

README.md

@@ -24,7 +24,7 @@ Dans un environnement graphique ( sur un P.C par exemple ), on ouvre un terminal
 
 Cet interface permet d'invoquer le logiciel à utiliser, et adapter son comportement sous la forme d'instruction. plutôt que d'ouvrir un navigateur de fichier (GUI) , aller cliquer dans chaque répertoire, pour enfin double cliquer sur le fichier fasta voulu afin de l'ouvrir, on peux le faire en shell de cette manière :
 
-`more /home/jeanjack/build/maker/MWAS/data/pyu-protein.fasta`
+`more /etc/passwd`
 
 et le contenu du fichier s'affiche dans le terminal. Dans cet exemple, on utilise more, un logiciel permettant de consulter le contenu d'un long fichier dans la taille précise du terminal, et de naviguer dedans.
 
@@ -111,17 +111,10 @@ Passons aux choses intéressantes : voyons plutôt sur le fichier fasta comment
 
 Vu qu'on veux récupérer le nombre de séquence, on vas filtrer le contenu du fichier pour n'avoir que les lignes contenant un chevron :
 ```
-$ grep ">" /home/jeanjack/build/maker/MWAS/data/pyu-protein.fasta
+$ grep "root" /etc/passwd
+root:x:0:0:root:/root:/bin/bash
 
-[...]
+Maintenant, on veux le nombre d'utilisateurs!
-
->sp|Q9WU83|DPM1_CRIGR
-
->sp|Q9XG77|PSA6_TOBAC
-
->sp|Q9ZSB5|UBP10_ARATH
-
-On a en sortie la liste des séquences. Maintenant, on veux des nombres !
 
 extrait du man de cat :
 
@@ -138,11 +131,10 @@ DESCRIPTION
 ```
 Vu qu'on a une ligne par séquence, on pourrait utiliser ça :
 ```
-$ grep ">" pyu-protein.fasta  | cat -n
+$ cat -n /etc/passwd
-  [...]
+ [...]
-  1303  >sp|Q9WU83|DPM1_CRIGR
+ 53  _lxd:x:129:139::/var/lib/lxd/:/bin/false
-  1304  >sp|Q9XG77|PSA6_TOBAC
+
-  1305  >sp|Q9ZSB5|UBP10_ARATH
 ```
 
 Mais tout ça fait beaucoup d'informations inutile dans notre petite fenêtre à mon goût.
@@ -166,8 +158,8 @@ DESCRIPTION
 ```
 wc avec l'option -l ( compter le nombre de retour à la ligne) me paraît beaucoup plus approprié :
 ```
-$ grep ">" pyu-protein.fasta | wc -l
+$ wc -l < /etc/passwd
-1305
+53
 ```
 
 On a exactement ce qu'on veux : le nombre de séquences. pas une information de plus, pas une de moins. en combinant deux outils qui font chacun une tache simple (filtrer et compter). Le tout réside dans la connaisance du panel d'outils à disposition, et la bonne lecture des manuels.

diapo.md

@@ -125,16 +125,24 @@ SHELL
 Plutôt que de parcourir l'arborescence par des clics et enfin ouvrir le
 fichier, on peux le faire directement:
 
-    $ more /home/jeanjack/build/maker/MWAS/data/pyu-protein.fasta
+    $ more /etc/passwd
+
+    root:x:0:0:root:/root:/bin/bash
+    daemon:x:1:1:daemon:/usr/sbin:/usr/sbin/nologin
+    bin:x:2:2:bin:/bin:/usr/sbin/nologin
+    sys:x:3:3:sys:/dev:/usr/sbin/nologin
+    sync:x:4:65534:sync:/bin:/bin/sync
+    games:x:5:60:games:/usr/games:/usr/sbin/nologin
+    man:x:6:12:man:/var/cache/man:/usr/sbin/nologin
+    lp:x:7:7:lp:/var/spool/lpd:/usr/sbin/nologin
+    mail:x:8:8:mail:/var/mail:/usr/sbin/nologin
+    news:x:9:9:news:/var/spool/news:/usr/sbin/nologin
+    uucp:x:10:10:uucp:/var/spool/uucp:/usr/sbin/nologin
+    proxy:x:13:13:proxy:/bin:/usr/sbin/nologin
+    www-data:x:33:33:www-data:/var/www:/usr/sbin/nologin
+    backup:x:34:34:backup:/var/backups:/usr/sbin/nologin
+    list:x:38:38:Mailing List Manager:/var/list:/usr/sbin/nologin
 
-    >FM_Phyra1_1:jgi|Phyra1_1|43043|gwEuk.18.6.1
-    MSDEEQDCCPLCMEELDITDKTFNACPCGYQVCLWCWHQIKNEYNALCPACRQPYAELSK
-    QKNPLDRDECQRKQKEKSERRSAAQAKHSTVNRKSLQNVRVMQRNLVYVIGLPVRFAEED
-    ILRSNECFGQYGKIVKAVVNKSHLSADRANATASAYITFANKEDALCCIVAIDGYYLDGS
-    MLRASFGTTKYCNFFLRNMQCNNPDCLYLHELGDDDDSFTKEEMQSGTRR
-    >FM_Phyra1_1:jgi|Phyra1_1|44351|gwEuk.21.14.1
-    KTRMSIDDIHAMVGSIRANVVNMRVTNIYDVQGQGDGGAAKTYILKLHQPPFPKVFLLLE
-    SGVRFHTSKYARDAKAGSALPSQFTMKLRKHLRGKRLSALTQLEGDRVVDLTFGQDALQC
 
 On utilise le logiciel more, qui permet de consulter le contenu d'un
 fichier page par page, avec une page faisant la taille de votre
@@ -201,16 +209,10 @@ lignes comprenant un chevron
 
 ::: frame
 
-    $ grep ">" /home/abi/jeanjack/build/maker/MWAS/data/pyu-protein.fasta
+    $ grep "root" /etc/passwd
-    [...]
+    root:x:0:0:root:/root:/bin/bash
 
-    >sp|Q9WU83|DPM1_CRIGR
+On a en sortie la ligne correspondant à root ! Maintenant on va regarder combien de comptes existent sur notre machine
-
-    >sp|Q9XG77|PSA6_TOBAC
-
-    >sp|Q9ZSB5|UBP10_ARATH
-
-On a en sortie la liste des séquences, mais il nous faut des nombres !
 
     $ man cat
     NAME
@@ -221,14 +223,14 @@ On a en sortie la liste des séquences, mais il nous faut des nombres !
       -n, --number
                   number all output lines
 
-ca pourrait fonctionner vu qu'on a une ligne par séquence
+ca pourrait fonctionner vu qu'on a une ligne par utilisateur
 :::
 
 ::: frame
-      grep ">" pyu-protein.fasta  | cat -n
+      cat -n /etc/passwd
-      1303  >sp|Q9WU83|DPM1_CRIGR
+      [...]
-      1304  >sp|Q9XG77|PSA6_TOBAC
+    53  _lxd:x:129:139::/var/lib/lxd/:/bin/false
-      1305  >sp|Q9ZSB5|UBP10_ARATH
+
 
 Ça fait beaucoup d'informations inutile par rapport au résultat attendu
 ( avoir un simple nombre ) !
@@ -253,8 +255,9 @@ paraît beaucoup plus approprié
 :::
 
 ::: frame
-    $ grep ">" pyu-protein.fasta | wc -l
+    $ wc -l < /etc/passwd
-    1305
+    53 /etc/passwd
+
 
 On a exactement ce qu'on veux : le nombre de séquences. pas une
 information de plus, pas une de moins. en combinant deux outils qui font