From c1a2363b6272d4365617b32ed8545e0429d5ffaa Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: jeanjack Date: Wed, 22 Feb 2023 15:00:31 +0100 Subject: [PATCH] utilisation d' /etc/passwd pour l'exemple --- README.md | 28 ++++++++++------------------ diapo.md | 53 ++++++++++++++++++++++++++++------------------------- 2 files changed, 38 insertions(+), 43 deletions(-) diff --git a/README.md b/README.md index fb93a7b..b53640f 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -24,7 +24,7 @@ Dans un environnement graphique ( sur un P.C par exemple ), on ouvre un terminal Cet interface permet d'invoquer le logiciel à utiliser, et adapter son comportement sous la forme d'instruction. plutôt que d'ouvrir un navigateur de fichier (GUI) , aller cliquer dans chaque répertoire, pour enfin double cliquer sur le fichier fasta voulu afin de l'ouvrir, on peux le faire en shell de cette manière : -`more /home/jeanjack/build/maker/MWAS/data/pyu-protein.fasta` +`more /etc/passwd` et le contenu du fichier s'affiche dans le terminal. Dans cet exemple, on utilise more, un logiciel permettant de consulter le contenu d'un long fichier dans la taille précise du terminal, et de naviguer dedans. @@ -111,17 +111,10 @@ Passons aux choses intéressantes : voyons plutôt sur le fichier fasta comment Vu qu'on veux récupérer le nombre de séquence, on vas filtrer le contenu du fichier pour n'avoir que les lignes contenant un chevron : ``` -$ grep ">" /home/jeanjack/build/maker/MWAS/data/pyu-protein.fasta +$ grep "root" /etc/passwd +root:x:0:0:root:/root:/bin/bash -[...] - ->sp|Q9WU83|DPM1_CRIGR - ->sp|Q9XG77|PSA6_TOBAC - ->sp|Q9ZSB5|UBP10_ARATH - -On a en sortie la liste des séquences. Maintenant, on veux des nombres ! +Maintenant, on veux le nombre d'utilisateurs! extrait du man de cat : @@ -138,11 +131,10 @@ DESCRIPTION ``` Vu qu'on a une ligne par séquence, on pourrait utiliser ça : ``` -$ grep ">" pyu-protein.fasta | cat -n - [...] - 1303 >sp|Q9WU83|DPM1_CRIGR - 1304 >sp|Q9XG77|PSA6_TOBAC - 1305 >sp|Q9ZSB5|UBP10_ARATH +$ cat -n /etc/passwd + [...] + 53 _lxd:x:129:139::/var/lib/lxd/:/bin/false + ``` Mais tout ça fait beaucoup d'informations inutile dans notre petite fenêtre à mon goût. @@ -166,8 +158,8 @@ DESCRIPTION ``` wc avec l'option -l ( compter le nombre de retour à la ligne) me paraît beaucoup plus approprié : ``` -$ grep ">" pyu-protein.fasta | wc -l -1305 +$ wc -l < /etc/passwd +53 ``` On a exactement ce qu'on veux : le nombre de séquences. pas une information de plus, pas une de moins. en combinant deux outils qui font chacun une tache simple (filtrer et compter). Le tout réside dans la connaisance du panel d'outils à disposition, et la bonne lecture des manuels. diff --git a/diapo.md b/diapo.md index 4f0a819..59839be 100644 --- a/diapo.md +++ b/diapo.md @@ -125,16 +125,24 @@ SHELL Plutôt que de parcourir l'arborescence par des clics et enfin ouvrir le fichier, on peux le faire directement: - $ more /home/jeanjack/build/maker/MWAS/data/pyu-protein.fasta + $ more /etc/passwd + + root:x:0:0:root:/root:/bin/bash + daemon:x:1:1:daemon:/usr/sbin:/usr/sbin/nologin + bin:x:2:2:bin:/bin:/usr/sbin/nologin + sys:x:3:3:sys:/dev:/usr/sbin/nologin + sync:x:4:65534:sync:/bin:/bin/sync + games:x:5:60:games:/usr/games:/usr/sbin/nologin + man:x:6:12:man:/var/cache/man:/usr/sbin/nologin + lp:x:7:7:lp:/var/spool/lpd:/usr/sbin/nologin + mail:x:8:8:mail:/var/mail:/usr/sbin/nologin + news:x:9:9:news:/var/spool/news:/usr/sbin/nologin + uucp:x:10:10:uucp:/var/spool/uucp:/usr/sbin/nologin + proxy:x:13:13:proxy:/bin:/usr/sbin/nologin + www-data:x:33:33:www-data:/var/www:/usr/sbin/nologin + backup:x:34:34:backup:/var/backups:/usr/sbin/nologin + list:x:38:38:Mailing List Manager:/var/list:/usr/sbin/nologin - >FM_Phyra1_1:jgi|Phyra1_1|43043|gwEuk.18.6.1 - MSDEEQDCCPLCMEELDITDKTFNACPCGYQVCLWCWHQIKNEYNALCPACRQPYAELSK - QKNPLDRDECQRKQKEKSERRSAAQAKHSTVNRKSLQNVRVMQRNLVYVIGLPVRFAEED - ILRSNECFGQYGKIVKAVVNKSHLSADRANATASAYITFANKEDALCCIVAIDGYYLDGS - MLRASFGTTKYCNFFLRNMQCNNPDCLYLHELGDDDDSFTKEEMQSGTRR - >FM_Phyra1_1:jgi|Phyra1_1|44351|gwEuk.21.14.1 - KTRMSIDDIHAMVGSIRANVVNMRVTNIYDVQGQGDGGAAKTYILKLHQPPFPKVFLLLE - SGVRFHTSKYARDAKAGSALPSQFTMKLRKHLRGKRLSALTQLEGDRVVDLTFGQDALQC On utilise le logiciel more, qui permet de consulter le contenu d'un fichier page par page, avec une page faisant la taille de votre @@ -201,16 +209,10 @@ lignes comprenant un chevron ::: frame - $ grep ">" /home/abi/jeanjack/build/maker/MWAS/data/pyu-protein.fasta - [...] + $ grep "root" /etc/passwd + root:x:0:0:root:/root:/bin/bash - >sp|Q9WU83|DPM1_CRIGR - - >sp|Q9XG77|PSA6_TOBAC - - >sp|Q9ZSB5|UBP10_ARATH - -On a en sortie la liste des séquences, mais il nous faut des nombres ! +On a en sortie la ligne correspondant à root ! Maintenant on va regarder combien de comptes existent sur notre machine $ man cat NAME @@ -221,14 +223,14 @@ On a en sortie la liste des séquences, mais il nous faut des nombres ! -n, --number number all output lines -ca pourrait fonctionner vu qu'on a une ligne par séquence +ca pourrait fonctionner vu qu'on a une ligne par utilisateur ::: ::: frame - grep ">" pyu-protein.fasta | cat -n - 1303 >sp|Q9WU83|DPM1_CRIGR - 1304 >sp|Q9XG77|PSA6_TOBAC - 1305 >sp|Q9ZSB5|UBP10_ARATH + cat -n /etc/passwd + [...] + 53 _lxd:x:129:139::/var/lib/lxd/:/bin/false + Ça fait beaucoup d'informations inutile par rapport au résultat attendu ( avoir un simple nombre ) ! @@ -253,8 +255,9 @@ paraît beaucoup plus approprié ::: ::: frame - $ grep ">" pyu-protein.fasta | wc -l - 1305 + $ wc -l < /etc/passwd + 53 /etc/passwd + On a exactement ce qu'on veux : le nombre de séquences. pas une information de plus, pas une de moins. en combinant deux outils qui font